你的提问，涉及的是两层法律关系
一、女朋友等疫情过后回香港拿单身证明，再到内地与你补领结婚证；或者也可以疫情过后，你拿着内地开具的单身证明到香港与女朋友补领结婚证，这只是完善你与女朋友婚姻关系的法律手续，与你女朋友在深圳生的孩子没有直接的法律关系。
二、因为你女朋友是香港人，无论是已婚生子女还是未婚生子女，根据香港法律，未年满16周岁的孩子可以把户口上在香港母亲的地方，这是对未成年子女的保护。
必须重点提醒你的是，你必须在深圳医院拿到孩子的出生证明，证明孩子的母亲是你，这是关键的关键
因为这个证明除了要在香港上户口外，你由深圳出境去香港也是唯一的通关证明
至于补办结婚证那是后话了，因为根据你的实际情况，结婚证已经不是你孩子在香港上户口的必须证件
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